Drag & drop Programme ohne diese Abfrage hinterlassen nur Reste, die nicht stören, eine voreinstellungsdatei in ~/Library/preferences und ~/Library/Caches, und eventuell ~/Library/applicationsupport.
Bei Drag & drop Programmen mit Abfrage werden da schon etwas mehr und auch verstecktere Dateien angelegt, die zudem dann auch bei systemstart oder bei der benutzeranmeldung mit aufgestartet werden, hier können es die oben genannten Ordner sein, aber auch zusätzlich die gleich betitelten Ordner in der Library direkt auf der HD und in beiden librarys noch weitere Dateien, in Ordner wie LaunchAgents oder launchdaemons und noch weitere mehr, allerdings haben diese Programme in der Regel eine uninstallanleitung, die man auch tunlichst befolgen sollte, denn hier scheitert AppCleaner oder ähnliches sehr oft.
Wenn du Programme deinstallieren willst, kann ich dir nur Raten, nutze die uninstall Anleitung des Herstellers oder den beigepackten uninstaller( der ist auch nicht immer zuverlässig, aber zuverlässiger als dritttools oder benutze die suche per datenkrake mit Suchwort " uninstall programmname" oder wenn du es dann doch händisch machen willst, suche Datenreste mit einer angepassten findersuche oder Programmen wie easyfind oder findanyfile.
Wie gesagt, wer sich auf AppCleaner verlässt, der ist verlassen, denn die Gewissheit das alles weg ist hat man nicht, die übersehenen Reste werden in der Regel früher oder später stören, häufig nach Updates oder neuen Installationen und das was DBertelsbeck noch angeführt hat passiert auch, du müsst bei AppCleaner und ähnlichem jede Datei, die zum löschen angeboten wird auf Stimmigkeit überprüfen, ob die wirklich zum Programm gehört das man löschen will und vor Programmfehlern, das noch vollkommen andere Dateien gelöscht werden ist man nie gefeit, ein schönes Beispiel ist immer Onyx, ein ganz schreckliches Tool, das hat mal sämtliche benutzereinstellungen gelöscht, wenn man den Haken gesetzt hatte, den Font Cache zu löschen.( mal abgesehen davon, das ein ottonormalnutzer alle eine Million Rechnerstunden mal den Font Cache löschen muss, also nie, da Nutzer aber immer gern Haken setzen und nicht nachdenken, was da passiert hatten das damals viele Nutzer gemacht und in Zeiten vor regelmäßigen Backups war das dann schon mehr als ärgerlich).