Ok, dass die Situation bei dir so kompliziert ist, wusste ich nicht.
Nochmal zusammengefasst:
Du hast also 1 Netzwerkspeicher, auf dem alle Musikdaten liegen. Die Netzwerkteilnehmer kopierten sich dann ihre Auswahl auf ihren lokalen PC. Um die Tags richtig zu setzen, hast du alle wieder "vermischt" und nun gibts doppelte Dateien?
Fragen:
- Ich nehme an, das ist noch ne iTunes Library, weil du immer von iTunes sprichst?
- Werden die Titel automatisch in den iTunes Ordner kopiert?
- Du hast die Lieder mittels iTunes importiert?
- Die doppelten Dateien heißen gleich?
- Wieso willst du dann unbedingt in die ID3 Tags gucken, wenn die doch mittels deines Magic Taggers eh gleich sein sollten?
- Ist es wichtig, dass du die Orginaldatei behältst und nicht eine Kopie?
Für mich klingt das gerade nach einem doppelte-Dateien-Such Problem im Finder, das mit den ID3 Tags nicht viel zu tun hat und wofür es bestimmt irgend ein Programm gibt.
Entschuldige, falls ich was falsch verstanden habe, dann klär mich bitte auf.

Muss erstmal die Details klären und alles verstehen, dann ne Lösung suchen...
OT:
Mit iTunes selbst ist es übrigens sehr einfach Compilation-CDs auch für andere zu erstellen. Das Problem dabei ist nur, dass man diese irgendwo speichern muss und dann doppelte Daten hat, womit wir wieder bei deinem Problem wären.
Bei anderen MP3-Playern ist es schwierig, da hast du vollkommen recht.
Bei Playern wie WinAmp oder sowas sollte es aber kein Problem sein seine eigenen Wiedergabelisten auch mit der iTunes Struktur erstellen zu können. Die aktuellen Linux Player kenn ich nicht, aber als ich es damals noch verwendet hab, waren sie eher bescheiden...