Ein gutes und kostenloses Tool hierfür ist
HandBrake. Im Programm kannst du dir ein Profil aussuchen (rechte Seitenleiste) – hier würde ich das „High Profile“ unter „Regular“ wählen. (Die Profile für Apple TV 1 und 2 nicht verwenden, da hier die neuen Fähigkeiten des Apple TV 3 (High Profile 4.0) nicht genutzt werden)
Im Video-Tab würde ich zunächst „Framerate (FPS): Same as source“ und „Constant Framerate“ wählen. Auch habe ich mit einer „Constant Quality“-Einstellung von „RF: 22.5“ gute Ergebnisse erzielt. (Guter Kompromiss zwischen Qualität und Größe, kannst Du allerdings noch nach eigenem Geschmack justieren.) Ich nutze BluRays als Ausgangsmedium und behalte 1080p bei.
Im Audio-Tab wählst du dir die gewünschten Tonspuren aus. Das Apple TV versteht AAC (Stereo) und kann AC3 (Surround) an deine Anlage weitergeben. DTS bzw. HD-Formate werden nicht unterstützt, auch kein Pass-through. Willst du also eine reine Stereo-Tonspur wählst du als Codec „AAC (ffmpeg)“ aus, die Abtastrate lässt du auf automatisch und eine Bitrate von 160 kbit/s ist ein guter Ausgangspunkt. „Mixdown“ brauchst du nur beachten, wenn du den Ton später wieder von deiner Anlage auf 5.1 hochrechnen lassen willst. Wenn du dir nicht sicher bist einfach „Dolby Surround“ wählen.
Hast du einen AV-Receiver an deinem Apple TV angeschlossen, so kannst du eine echte 6-Kanal-AC3-Spur nutzen. Hierfür als Codec „AC3 (ffmpeg)“ und als Mixdown „6-Channel discrete“ wählen. Bei Serien genügt eine Bitrate 448 kbit/s, bei Filmen würde ich auf 640 kbit/s erhöhen, da hier die Effektkanäle oft stärker ausgeprägt sind und der Master besser ist. Apple empfiehlt zu jeder Surround-Spur eine gleichwertige Stereo-Spur bereitzustellen, falls das Ausgabegerät kein AC3 versteht. Das ist beispielsweise wichtig, wenn du die gleichen Dateien auf dem iPad (Stereo/Mono) und dem Apple TV (5.1 Anlage) sehen und hören willst oder die Dateien weitergeben möchtest und die Bedingungen nicht genau kennst.
Du kannst nach belieben Tonspuren hinzufügen, ich belasse es meist bei Deutsch und Englisch.
Eigentlich kannst du jetzt schon loslegen – unter „Advanced“ kannst du allerdings noch einige Dinge anpassen. Ich persönlich habe hier noch für „Reference Frames“ die Anzahl 4 und für „Maximum B-Frames“ die Anzahl 5 gewählt. Das ist das Maximum, welches ein High Profile 4.0-Gerät noch verarbeiten kann. Zusätzlich habe ich mich für die „Motion Estimation Method: Uneven Multi-Hexagon“ entschieden, „Partition Types“ auf „All“ gesetzt, sowie für „Trellis: Always“ gewählt. Diese Einstellungen bieten für mich noch eine akzeptable Encodier-Geschwindigkeit. Dies hängt natürlich vom Rechner ab, bzw. deiner Geduld – falls es also zu langsam wird, einfach die Standard-Einstellungen verwenden. Wenn du die Einstellungen mit dem Cursor berührst, erhältst du auch einen Tooltip, falls dich deren Auswirkung näher interessiert.
Unter „Picture Setting“ kannst du noch die Auflösung einstellen, wenn du z. B. nur 1280x720 möchtest. Hier kannst du auch Filter wählen. Ich lasse diese ausgeschaltet, aber du kannst z. B. mit „Denoise“ Filmkörnung entfernen und dadurch eine höhere Kompressionsrate (kleinere Dateien) erzielen. Zu viel des Guten macht allerdings das Bild zu glatt und Details gehen verloren. Ich persönlich mag die Körnung und lasse sie in Ruhe.

Unter „Cropping“ versteht man das Abschneiden der Ränder des Bildes, bei Widescreen-Filmen also der schwarze Bereich ober- und unterhalb des Filmes. Links und Rechts beschneide ich nicht, auch wenn die Autoerkennung oft 1 - 2 Pixel Rand erkennt, da ich die 1920 Pixel in der Breite behalten will. Ob man die Widescreen-Rände Oben und Unten beschneidet oder nicht ist Geschmackssache, denn von der Kompression her bringt es bei h264 keine nennenswerten Verbesserungen mehr.
Ich habe Untertitel mal außen vor gelassen, da deren Verarbeitung abhängig von der Quelldatei ist. Wenn du im entsprechenden Tab die Spuren auswählen kannst, kannst du sie direkt übernehmen. Auch das Einfügen einer externen .srt-Datei ist möglich. Informationen zum SRT findest du sehr schnell in Google, ist auch ein recht einfaches Text-basiertes Format.
Die Ergebnisse
sollten auf dem Apple TV 3, iPad (3. Generation) und iPhone 4S laufen. Folgen von einer Serie mit der Länge von ~ 50 Minuten sind etwa 1,5 – 2,5 GB groß. (Je nach „Action“, Anzahl der Tonspuren, Ausgangsqualität, Körnung, etc.)
Es sollte klar sein, dass möglichst hochwertiges Eingangsmaterial auch zu den besten Ergebnissen führt. Auch sollte in keinem Fall hochskaliert werden, also von 720p auf 1080p. BluRays und HD-TV-Aufnahmen sind gute Ausgangspunkte. Eigene Filme würde ich entweder direkt mit Schnittprogramm exportieren (Die oben genannten Bedingungen beachten) oder zunächst in ein möglichst verlustfreies bzw. schwach komprimiertes Format speichern.
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Ein anderes Tool ist
Subler. Ich nutze es nach dem Konvertiervorgang um die Meta-Daten anzupassen – Sprachen der Tonspuren, die Fallback-Spur für 5.1-Spuren definieren, Artwork und Tags hinzufügen, Kapitelmarken erstellen, etc.
Es kann allerdings auch zum Transcodieren genutzt werden. Möglicherweise hast du die Videos bereits richtigen Videoformat, aber im falschen Container (z. B. als .mkv), dann kannst du sie hiermit im m4v-/mp4-Container speichern. Voraussetzung ist natürlich, dass die oben genannten Bedingungen bereits gelten – sprich unterstütztes h264-Profil und Tonformate.
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Natürlich die Ergebnisse bitte erst einmal auf den Ziel-Geräten ausprobieren. Mein Apple TV 3 will leider erst am Freitag zu mir kommen

, deswegen habe ich mir die Sachen erst einmal nur theoretisch erarbeitet. Nicht das du jetzt Tage lang konvertierst und dann ist mir irgendwo ein Fehler unterlaufen.